大棚蔬菜复种指数高、产量高、需肥量大。底肥对蔬菜的产量、品质及土壤性状影响很大，是施肥中基本的一个环节，对蔬菜作物生长发育至关重要。施用底肥应注意以下三个方面。
一、根据蔬菜目标产量确定施肥量 。确定大棚底肥施用数量，必须考虑土壤肥力高低和蔬菜需肥量大小等。一般氮肥总用量的30%、磷肥的80%、钾肥的50%作为底肥，生物肥和微肥尽可能一次全部底施。如秋茬番茄产量大体在8000～9000公斤之间。在此产量范围内每生产1000公斤番茄需吸收氮4.4公斤、五氧化二磷1.1公斤、氧化钾4.8公斤，氮磷钾比例为1：0.25：1.1，还需较多的钙、硼等。其中底肥宜选高磷型肥料，追施选用低磷型肥料。底肥用量以40～50公斤为宜，氮磷钾大体比例为1：1：0.75；追施用量75～85公斤，氮磷钾比例为1：0.2：0.85。
二、确保有机肥用量足。 有机肥（包括农家肥、厩肥和饼肥）适宜作底肥施用，对土壤肥力较高的老龄大棚更应注意多施一些生物有机肥作底肥。要保持棚内土壤肥力和有机质不降低或略有升高，就必须向大棚土壤中补充有机肥料。根据大棚土壤有机质的变化规律和有机氮与无机氮之比为1：0.4～1时产量高的原则进行推算，要保持大棚土壤有机质在2.0%以上以较高的产量，每年应施入有机质含量为30%的有机肥料不低于2000公斤/亩才行。如要使大棚土壤有机质含量逐年提高，每年施入的30%有机肥料总量应多余2000公斤。
三、根据天气及生长特点确定底肥施用方法。施用底肥时要以腐熟土杂肥、粪肥等大体积的粗制有机肥为主，每亩用量8～12立方，以增加土壤有机质和碳素物质，同时配合少量的优质生物有机肥（一般用量100～150公斤）和缓释型硫酸钾复合肥75～100公斤。采用控释肥来调控底肥中氮肥的释放速度，避免高温发生旺长，防止根部病害。坐果后要分次随水冲施含氮磷钾的全元素肥料。